2005年1月復旦大學數學科學學院成立以來，學院歷任領導班子組成如下：

第一任領導班子（2005.1-2008.3）

院長： 洪家興

副院長：吳泉水、陸立強、程晉、樓紅衛

書記：朱大訓

副書記：顧建弘（--2007.5）、 劉金華（2006.10--）

第二任領導班子（2008.3-2012.9）

院長：吳泉水

副院長：林偉、郭坤宇、樓紅衛、蘇仰峰（--2009.6）、王永珍（2009.7--）

書記：朱大訓（--2010.3）、侯力強（2010.3--）

副書記： 劉金華

第三任領導班子（2012.9--2017.6）

院長：郭坤宇

副院長：王光臨（2014.9--）、應堅剛、陳猛、林偉、王永珍（--2014.3）

書記：侯力強

副書記：張曉清

現任領導班子（2017.6--）

院長：陳猛

副院長：王光臨（--2018.05）、呂志、雷震、薛軍工（2017.9--）

書記：侯力強（--2018.3）、王永珍（2018.3--）

副書記：張曉清（--2019.12）、劉建峰（2018.06--）、陸晶婧（2019.12--）