復旦大學數學研究所于1956年開始籌建，成立時批準部門是中國科學院。其經過如下：1956年，蘇步青教授和陳建功教授受中國科學院委托，開始籌建上海數學研究室。1957年6月在復旦大學正式成立了中國科學院上海數學研究室。1958年12月，經中國科學院批準，正式成立中國科學院上海數學研究所，下設幾何與函數論兩個研究室。中國科學院學部委員蘇步青教授任所長。1960年，中國科學院上海數學研究所劃歸復旦大學，更名為復旦大學數學研究所，設有微分幾何、函數論與泛函分析、微分方程、概率論與數理統計等四個研究室，曾經與復旦大學數學系一起在各種雜志上發表論文四百多篇。

長期以來復旦大學數學研究所承擔數學學科研究生的教學和培養工作，培養了許多高水平的數學研究人才，同時也獲得許多重要的研究成果。

1．1978年發展成為有微分幾何、函數論和泛函分析、微分方程、概率論與數理統計、代數、應用數學六個研究室。

2．1980年受國家教委委托創刊《數學年刊》英文版和中文版雜志。

3．1981年首批批準設立基礎數學專業和應用數學專業博士點；1986年設立概率論與數理統計博士點（計算數學和運籌學與控制論的博士點在數學系，分別在1984年和1985年批準設立）。

4．1985年被批準設立博士后流動站。

5．1993年被批準成立“非線性數學模型和方法”（國家教育部）開放實驗室。

6．1980年以來獲得的重大獎項：

國家自然科學二等獎三項 （谷超豪等（1982）、陳天平（2002），陳恕行（2005））；何梁何利基金科學與技術成就獎兩項（蘇步青（1997）、谷超豪（2005））；國家最高科技獎（谷超豪（2009））。

經過五十多年來的發展，復旦大學數學研究所科研隊伍不斷壯大，研究方向不斷增加，成為國內數學研究和人才培養的一支重要力量。

雖然現在復旦大學數學研究所的建制發生了變化，但在新的機遇和挑戰面前復旦大學數學研究所會有新的更大的進步。

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歷任所長：

第一任所長：蘇步青（1956-1986.10）

副所長：陳傳璋（1959.6-1966.12）

??????? 谷超豪（1962.10-1986.10）

??????? 夏道行（1962.10-1986.10）

第二任所長：谷超豪（1986.10-2000.3）

副所長：夏道行（1986.10-1989.12）

??????? 蔣爾雄（兼）（1990.11-1997.6）

??????? 陳恕行（1990.11-1997.6）

??????? 張蔭楠（1990.11-1997.6）

??????? 洪家興（1997.6-2000.3）

??????? 陳曉漫（1997.6-1999.7）

??????? 吳泉水（1999.7-2000.3）

第三任所長：洪家興（2000.3-2012.12）

??? 副所長：吳泉水（2000.3-2012.12）

??????? 丁? 青（2006.5-2012.12）

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現任所長：傅吉祥

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